Maki wyposażone w Thunderbolt mogą uruchamiać się z zewnętrznych dysków Thunderbolt. Oznacza to, że możesz uruchomić pełną instalację systemu Mac OS X, Windows lub Linux z zewnętrznego dysku podłączonego do komputera Mac z łącznością Thunderbolt, a ze względu na szybkość Thunderbolt byłaby to niezwykle szybka. Jak szybko? Teoretycznie Mac OS X działający na zewnętrznym dysku Thunderbolt powinien być tak samo szybki, jak uruchamianie z dysku wewnętrznego, ale użycie zewnętrznego dysku SSD byłoby w rzeczywistości szybsze niż wewnętrzny wirujący dysk twardy.

Otwiera to również drzwi dla dalszych opcji podwójnego uruchamiania systemu OS X, uruchamiania wielu systemów operacyjnych i ogólnej ultraszybkiej rozbudowy sprzętu, która jest ograniczona opcjami wewnętrznych rozszerzeń. Obecnie Thunderbolt jest dostępny na komputerach MacBook Pro i iMac, ale oczekuje się, że zyska na popularności dzięki włączeniu go w nadchodzących odświeżeniach komputerów MacBook Air, Mac Mini i Mac Pro.

Możliwość rozruchu została potwierdzona przez firmę Anandtech, która sprawdziła, czy zewnętrzne dyski Thunderbolt można uruchomić podczas badania ogromnej konfiguracji Pegasus 12 TB RAID, pokazanej powyżej, podłączonej do MacBooka Pro.

Zostało to znalezione za pośrednictwem MacRumors, wspominają również, że Thunderbolt obsługuje tryb dysku docelowego, opcję, która w przeciwnym razie była ograniczona do komputerów Mac wyposażonych w Firewire.

Aktualizacja: Demonstracja szybkości Thunderbolt w porównaniu z FireWire i USB 2.0 to najnowszy wykres porównawczy z MacWorld, który pokazuje zewnętrzne dyski Thunderbolt niesamowite prędkości:

Te prędkości odczytu i zapisu są równie duże, jeśli nie większe, niż w przypadku wielu wewnętrznych dysków SSD!